Pthon批量处理将pdb文件生成dssp文件

yipeiwu_com5年前Python基础
# -*- coding: utf-8 -*-
"""
Created on Sat Jun 20 19:36:34 2015

@author: chaofn
"""
import os

"""
这个程序的目的是将linux下/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb目录中的所有文件(一共有215个文件)
批处理
将pdb文件生成dssp文件

"""
#listdir返回文件名的列表
fileLine=os.listdir('/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb')
#遍历整个列表
for i in range(len(fileLine)-1):
  #将字符串用变量表示
  input_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_pdb/'+fileLine[i]
  #先去掉文件名的后缀,然后形成后缀为dssp的文件名
  out_file=fileLine[i].split('.')[0]+'.dssp'
  output_file='/ifs/home/fanchao/Manesh_dssp/'+out_file
  #注意:参数的传递(先是%s,然后是%变量名),多个变量的传入要用元组表示,在元组前用%
  os.system('/ifs/share/lib/dssp/dssp2 -i %s -o %s' %(input_file,output_file))

相关文章

Django REST框架创建一个简单的Api实例讲解

Django REST框架创建一个简单的Api实例讲解

Create a Simple API Using Django REST Framework in Python WHAT IS AN API API stands for appli...

python 用户交互输入input的4种用法详解

python 用户交互输入input的4种用法详解

用户输入 1、使用input来等待用户输入。如 username = input('username:') password = input('password:') pri...

python检测主机的连通性并记录到文件的实例

目录结构 ping_test/ ├── bin │ ├── ping.py │ ├── ping_run.sh.origin │ └── ping.sh ├── conf │ └──...

Django框架教程之中间件MiddleWare浅析

前言 Django中的中间件是一个轻量级、底层的插件系统,可以介入Django的请求和响应处理过程,修改Django的输入或输出。 中间件的设计为开发者提供了一种无侵入式的开发方式,增强...

pandas数据框,统计某列数据对应的个数方法

pandas数据框,统计某列数据对应的个数方法

现在要解决的问题如下: 我们有一个数据的表 第7列有许多数字,并且是用逗号分隔的,数字又有一个对应的关系: 我们要得到第7列对应关系的统计,就是每一行的第7列a有多少个,b有多少个...