python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)

yipeiwu_com6年前Python基础

1. 用SimpleITK读取dicom序列:

import SimpleITK as sitk
import numpy as np
img_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\original\\1'
mask_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1'
 
reader = sitk.ImageSeriesReader()
img_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(img_path)
reader.SetFileNames(img_names)
image = reader.Execute()
image_array = sitk.GetArrayFromImage(image) # z, y, x
 
reader = sitk.ImageSeriesReader()
mask_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(mask_path)
reader.SetFileNames(mask_names)
mask = reader.Execute()
mask_array = sitk.GetArrayFromImage(mask) # z, y, x

2. 用dicom读取单张dicom图像并显示:

import dicom 
import pylab  
 
ds=dicom.read_file("F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1\\FILE0001_seg.dcm")  
pixel_bytes = ds.PixelData 
 
##CT值组成了一个矩阵 
pix = ds.pixel_array 
 
##读取显示图片 
pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone) 
pylab.show() 
如果要对dicom图像中的像素值进行修改,继续执行以下代码:

##修改图片中的元素,不能直接使用data_array,需要转换成PixelData 
for n,val in enumerate(ds.pixel_array.flat): # example: zero anything < 300 
  if val < 300: 
    ds.pixel_array.flat[n]=0 
ds.PixelData = ds.pixel_array.tostring() 
ds.save_as("newfilename.dcm") 

3. 此外,用pydicom也可读取dicom图像

以上这篇python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)就是小编分享给大家的全部内容了,希望能给大家一个参考,也希望大家多多支持【听图阁-专注于Python设计】。

相关文章

Python实现求解一元二次方程的方法示例

本文实例讲述了Python实现求解一元二次方程的方法。分享给大家供大家参考,具体如下: 1. 引入math包 2. 定义返回的对象 3. 判断b*b-4ac的大小 具体计算代码如下:...

python函数修饰符@的使用方法解析

python函数修饰符@的作用是为现有函数增加额外的功能,常用于插入日志、性能测试、事务处理等等。 创建函数修饰符的规则: (1)修饰符是一个函数 (2)修饰符取被修饰函数为参数...

Python中实现三目运算的方法

C语言中三目运算符 复制代码 代码如下:    expression ?expr1:expr2;  //expression 为真则取表达式expr...

python 以16进制打印输出的方法

打印整数16进制 num=10 print('%#x'%num) 打印字符串中的16进制 arr='12342535' for i in arr: print('%#x'%o...

Python按钮的响应事件详解

Python按钮的响应事件详解

import sys from PyQt5 import QtWidgets from PyQt5.QtWidgets import QMainWindow from test im...