python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)

yipeiwu_com5年前Python基础

1. 用SimpleITK读取dicom序列:

import SimpleITK as sitk
import numpy as np
img_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\original\\1'
mask_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1'
 
reader = sitk.ImageSeriesReader()
img_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(img_path)
reader.SetFileNames(img_names)
image = reader.Execute()
image_array = sitk.GetArrayFromImage(image) # z, y, x
 
reader = sitk.ImageSeriesReader()
mask_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(mask_path)
reader.SetFileNames(mask_names)
mask = reader.Execute()
mask_array = sitk.GetArrayFromImage(mask) # z, y, x

2. 用dicom读取单张dicom图像并显示:

import dicom 
import pylab  
 
ds=dicom.read_file("F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1\\FILE0001_seg.dcm")  
pixel_bytes = ds.PixelData 
 
##CT值组成了一个矩阵 
pix = ds.pixel_array 
 
##读取显示图片 
pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone) 
pylab.show() 
如果要对dicom图像中的像素值进行修改,继续执行以下代码:

##修改图片中的元素,不能直接使用data_array,需要转换成PixelData 
for n,val in enumerate(ds.pixel_array.flat): # example: zero anything < 300 
  if val < 300: 
    ds.pixel_array.flat[n]=0 
ds.PixelData = ds.pixel_array.tostring() 
ds.save_as("newfilename.dcm") 

3. 此外,用pydicom也可读取dicom图像

以上这篇python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)就是小编分享给大家的全部内容了,希望能给大家一个参考,也希望大家多多支持【听图阁-专注于Python设计】。

相关文章

Python实现时间序列可视化的方法

Python实现时间序列可视化的方法

时间序列数据在数据科学领域无处不在,在量化金融领域也十分常见,可以用于分析价格趋势,预测价格,探索价格行为等。 学会对时间序列数据进行可视化,能够帮助我们更加直观地探索时间序列数据,寻...

Python进行数据提取的方法总结

Python进行数据提取的方法总结

准备工作 首先是准备工作,导入需要使用的库,读取并创建数据表取名为loandata。 import numpy as np import pandas as pd loandata...

python多线程扫描端口(线程池)

扫描服务器ip开放端口,用线程池ThreadPoolExecutor,i7的cpu可以开到600个左右现成,大概20s左右扫描完65535个端口,根据电脑配置适当降低线程数 #!/u...

Python使用微信SDK实现的微信支付功能示例

本文实例讲述了Python使用微信SDK实现的微信支付功能。分享给大家供大家参考,具体如下: 最近一段时间一直在搞微信平台开发,v3.37版本微信支付接口变化贼大,所以就看着php的de...

matplotlib绘图实例演示标记路径

matplotlib绘图实例演示标记路径

标记路径 演示效果: 实例代码 import matplotlib.pyplot as plt import matplotlib.path as mpath import num...